稻田有害生物主要包括水稻害蟲、病原菌（體）引起的病害、雜草、鼠害、鳥類等。
害蟲可分為：食葉性害蟲，如稻縱卷葉螟、稻苞蟲、稻螟蛉、黏蟲、稻蝗；鉆蛀性害蟲，包括螟蟲（二化螟、三化螟、臺灣稻螟、大螟）、稻癭蚊、稻稈潛蠅等；刺吸性害蟲，主要有稻飛虱、稻葉蟬、稻蝽類、稻薊馬等；食根性害蟲，如稻象甲、稻水象甲、螻蛄等。
病害可分為：真菌性病害，如紋枯病、稻瘟病、稻曲病、穗腐病、惡苗病、葉鞘腐敗病等；細菌性病害，如白葉枯病、細菌性條斑病、細菌性基腐病、細菌性穎枯病等；病毒病害，如條紋葉枯病、黑條矮縮病、黃矮病等；線蟲病害，如干尖線蟲病、根結(jié)線蟲病等。
稻田最常見的雜草有稗草、鴨舌草、千金子、莎草類、野荸薺、水花生、牛毛氈等。鼠害主要是田鼠，鳥類主要是麻雀。