三系雜交稻種子的生產(chǎn)需要雄性不育系、雄性不育保持系和雄性不育恢復系的相互配套。不育系的不育性受細胞質和細胞核的共同控制，需與保持系雜交，才能獲得不育系種子；不育系與恢復系雜交，獲得雜交稻種子，供大田生產(chǎn)應用；保持系和恢復系的自交種子仍可作保持系和恢復系。
    兩系雜交水稻的生產(chǎn)只需不育系和恢復系。其不育系的育性受細胞核內隱性不育基因與種植環(huán)境的光長和溫度共同調控，并隨光、溫條件變化產(chǎn)生從不育到可育的育性轉換，其育性與細胞質無關。利用光溫敏不育系隨光溫條件變化產(chǎn)生育性轉換的特性，在適宜的光溫時期，可自交繁殖種子，而三系不育系必須與保持系按一定行比相間種植，依靠保持系傳粉異交結實生產(chǎn)不育系種子。兩系雜交稻的雜種優(yōu)勢表現(xiàn)及機理與三系雜交稻一樣，都是利用兩個遺傳組成不同的親本雜交產(chǎn)生雜交一代種子，在生產(chǎn)上利用雜種優(yōu)勢。