建立生態(tài)保護補償相關制度，是實施空間規(guī)劃的重要保障?！兑庖姟访鞔_，將以“三區(qū)三線”為依據(jù)，強化生態(tài)保護，確定生態(tài)補償重點領域，分別建立森林保護補償制度、草原保護補償制度、濕地保護補償制度、荒漠保護補償制度、水源地保護補償制度，探索建立耕地保護補償制度，開展流域上下游橫向生態(tài)保護補償試點。

為確保生態(tài)保護補償各項制度落到實處，《意見》提出將建立一套科學合理的工作機制。其中包括，建立生態(tài)保護紅線管控機制，對在生態(tài)保護紅線內(nèi)從事生產(chǎn)經(jīng)營的企業(yè)、居住生活的農(nóng)戶以及其他影響生態(tài)環(huán)境的主體進行有計劃、分批次逐步退出，嚴格禁止不符合主體功能定位的新增開發(fā)建設行為出現(xiàn)在生態(tài)保護紅線區(qū)內(nèi);建立穩(wěn)定的投入機制，整合中央和自治區(qū)生態(tài)保護資金，加大對重點生態(tài)功能區(qū)的支持力度;建立生態(tài)保護成效與資金分配掛鉤的激勵約束機制，對生態(tài)環(huán)境質(zhì)量明顯改善或惡化的地區(qū)，增加或扣減轉(zhuǎn)移支付資金。