巴基斯坦已就生物安全簽訂了卡塔赫納議定書，該議定書規(guī)定不可在不具備生物安全管理條例和相應基礎設施的情況下進口或商業(yè)化轉基因作物。

巴基斯坦反轉基因團體表示，國內85%的棉花種植為Bt轉基因棉花，跨國種子和農藥公司正在極力推進玉米轉基因種子的引入。許多農業(yè)及環(huán)境專家認為轉基因作物將威脅巴基斯坦糧食安全。

批評者認為該法案忽視了進口轉基因作物長達八年時間在各地進行的試驗，以進行適應性研究，并評估病害是否會隨著播種蔓延到當地環(huán)境從而影響人類健康。他們還稱轉基因棉花的引進是一種失敗，種植者抱怨農藥使用增多，而由于害蟲產生抗性的速度比預期更快，產量也并未得到提高。