微生物肥料本身一般并不含有作物生長所需要的營養(yǎng)元素，而是通過微生物的生命活動，改善作物營養(yǎng)條件，如固定空氣中的氮素，參與養(yǎng)分的轉(zhuǎn)化，促進(jìn)作物對養(yǎng)分的吸收，分泌各種激素刺激作物根系發(fā)育，抑制有害微生物的活動等，以達(dá)到促進(jìn)作物生長的目的。
   微生物肥料的種類很多，按其制品中特定的微生物種類分為細(xì)菌肥料、放線菌肥料（如抗生菌類)、真菌類肥料（如菌根真菌類）、固氮藍(lán)藻肥料等。根據(jù)其作用不同，微生物肥料可分為五大類：
    （1）有固氮作用的菌肥，包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮藍(lán)藻肥料等。
    （2）分解土壤有機(jī)物的菌肥，包括有機(jī)磷細(xì)菌肥料和復(fù)合細(xì)菌肥料。
    （3）分解土壤中難溶性礦物的菌肥，包括硅酸鹽細(xì)菌肥料、無機(jī)磷細(xì)菌肥料等。
    （4）促進(jìn)作物對 土壤養(yǎng)分利用的菌肥，包括菌根菌肥料等。
    （5）抗病及刺激作物生長的菌肥，包括抗生菌肥、增產(chǎn)菌肥等。